ابزار پژوهش در طب اسلامی طبایع و مزاج ها است.

ابزارفنی وتخصصی برای تشخیص،عبارتند از:
نبض، ادرار و مدفوع

ابزار درمانی در طب اسلامی:
١- داروها

۲- رفتارها

۳- دعاها

رفتارهای درمانی در طب اسلامی:
١- حجامت ۲- قی (استفراغ) ۳- تنقیه ۴- مسهل ۵- حمام ۶- نوره ۷- سعوط (داروداخل بینی ریختن) ۸- مسواک ۹- تعطر(عطرزدن) ۱۰- امساک وروزه داری ۱۱- تغذیه براساس رعایت قواعد شایسته ۱۲- تزکیه و دوری از پلیدی های اخلاقی، مالی و رفتاری ۱۳- تزویج به تناسب مزاج و توان عمومی ۱۴- تعبد و تقویت روان.

ظرف زمان و مکان:

رفتارهای درمانی جسم به تناسب موقعیت زمانی و جغرافیایی هرکدام قاعده اجرایی ویژه ای پیدا می کنند. اما رفتارهای درمانی روان همه جا ثابت هستند و به مرور زمان تغییر نمی کنند. مثلا بهترین زمان حجامت در فصل بهار و پاییز است و یا مصرف دارو مقدار و زمان مشخصی دارد، ولی دوری از پلیدی های اخلاقی و تعبد و تقویت روان، صداقت، امانت داری، دوری از بخل، حسد، کینه و حرص، آز ، ریا ، دروغ و تهمت تابع زمان و مکان نیست.


اکنون به تعریف هر پنج تطهیر می پردازیم:
١- تطهیر جسمی: شستشوی جسم، برطرف کردن موهای زاید و ناخن، روغن مالی بدن با روغن های مناسب هر فصل و متناسب با مزاج
۲- تطهیر معدی: حلال خوردن، به جا خوردن (خوردن میوه فصل)، به اندازه خوردن، موافق مزاج خوردن، روزه (تطهیر سالیانه دریک ماه)، تنقیه (به تناسب مزاج و نیاز تجویز می شود)
غذای ظهر، خواب است.
طب اسلامی خرده خوری را باعث بروز بیماری می داند اما نوشیدنی تجویز می شود.
۳- تطهیر خونی: حجامت، فصد (خروج خلط اضافه ازبدن)، زالو درمانی
۴- تطهیر جنسی: تخلیه جنسی به تناسب نیاز، جنس، سن، غذای غالب و موقعیت جغرافیایی تعریف می شود.
هر شخصی نیاز به محبت ورزیدن و مورد محبت واقع شدن دارد که اولین روش دستیابی، ارتباط تماسی است؛ مانند ارتباط میان مادر و فرزند، رزوجین. هم آغوشی قبل ازتخلیه ی جنسی باید صورت گیرد.
۵- تطهیر روانی: دروغ، کینه، بخل، تکبر  لایه ای منفی در روح انسان می سازد و جسم را بیمار می کند.

راه های سریع تطهیر روانی:

بخشش، گریه ی جهت دار (گریه برای ایمه اطهار سلام الله علیها) ، کشیدن دست نوازش بر سر یتیم ها